Sau khi chia tách và tái lập lại tỉnh Kon Tum tháng 10/1991, UBND tỉnh Gia lai - Kon Tum đã ra Quyết định điều chuyển 07 cán bộ thuộc Ban khoa học-kỹ thuật tỉnh Gia lai - Kon Tum về Ban khoa học-kỹ thuật tỉnh Kon Tum. Ngày 01/11/1991, UBND tỉnh Kon Tum đã ra Quyết định số: 06/QĐ-UB thành lập Ban Khoa học kỹ thuật tỉnh Kon tum. ngày 11 tháng 10 năm 1993, UBND tỉnh Kon Tum ra quyết định số: 99/QĐ-UB đổi tên Ban khoa học-kỹ thuật thành Sở Khoa học, Công nghệ và Môi trường tỉnh Kon Tum. Ngày 02 tháng 04 năm 2003, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số: 45/2003/QĐ-TTg về việc thành lập Sở Tài nguyên và Môi trường và đổi tên Sở Khoa học, Công nghệ và Môi trường thành Sở Khoa học và Công nghệ thuộc UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Ngày 06 tháng 8 năm 2003, UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số: 31/2003/QĐ-UB V/v quy định chức năng, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ m:áy của Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Kon Tum.
Ngày 29 tháng 10 năm 2003, UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số: 41/2003/QĐ-UB V/v ban hành Quy chế về tổ chức và hoạt động của Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Kon Tum.
Thực hiện Thông tư liên tịch số 05/2008/TTLT-BKHCN-BNV, ngày 18 tháng 6 năm 2008 của Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về khoa học và công nghệ thuộc UBND cấp tỉnh, cấp huyện. Ngày 05 tháng 11 năm 2008, UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số 52/2008/QĐ-UBND về việc ban hành Quy định về tổ chức và hoạt động của Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Kon Tum.
Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Kon Tum là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, có chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý Nhà nước về Khoa học và Công nghệ, bao gồm: hoạt động khoa học và công nghệ; phát triển tiềm lực về khoa học và công nghệ; tiêu chuẩn, đo lường, chất lượng; sở hữu trí tuệ; ứng dụng bức xạ và đồng vị phóng xạ; an toàn bức xạ và hạt nhân; các dịch vụ công trong lĩnh vực thuộc Sở quản lý trên địa bàn theo quy định của pháp luật.
Về tổ chức, bộ máy: bao gồm cơ quan Sở và 01 đơn vị trực thuộc( Trung tâm Nghiên cứu, Ứng dụng và Dịch vụ Khoa học và Công nghệ)