Theo mục tiêu đặt ra, 70% đề tài, dự án thuộc Chương trình có kết quả được công bố trên các tạp chí khoa học và công nghệ phải có tài liệu, sổ tay hướng dẫn chuyển giao công nghệ; 100% các đề tài có kết quả được áp dụng vào thực tế xây dựng NTM; Xây dựng được các mô hình ứng dụng tiến bộ kỹ thuật, có sự tham gia đầu tư của các doanh nghiệp. Trong đó, có ít nhất 60% mô hình liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị, gắn sản xuất với tiêu thụ sản phẩm, nhất là đối với các nhóm sản phẩm chủ lực (cấp quốc gia, cấp tỉnh và cấp cơ sở thôn, xã); Chuyển giao được công nghệ mới, tiên tiến, phù hợp với các vùng miền, tăng hiệu quả sản xuất lên tối thiểu 25%, góp phần tăng thu nhập cho nông dân từ 20% trở lên; Các đề tài, dự án thuộc Chương trình thực hiện đào tạo, tập huấn chuyển giao công nghệ cho 10.000 lượt đối tượng chuyển giao công nghệ và nhận chuyển giao công nghệ ở nông thôn.
Chương trình gồm các nội dung: Nghiên cứu, khảo sát các mô hình tổ chức xã hội nông thôn ở Việt Nam và một số nước trên thế giới; những bài học kinh nghiệm xây dựng mô hình NTM trong thời gian qua để xác định mục tiêu, phương hướng, nhiệm vụ, lộ trình, vai trò của các chủ thể trong xây dựng NTM ở Việt Nam gắn với đô thị hóa văn minh trong hội nhập quốc tế đến năm 2020 và trong giai đoạn tiếp theo.
Nghiên cứu, đề xuất bổ sung hoàn thiện các cơ chế, chính sách xây dựng NTM và các giải pháp khoa học và công nghệ để xây dựng NTM; Xây dựng một số mô hình trình diễn về NTM trên cơ sở ứng dụng các thành tựu, giải pháp khoa học và công nghệ.
Xây dựng nội dung và tổ chức các chương trình đào tạo, tập huấn nhằm nâng cao năng lực nắm bắt, ứng dụng khoa học và công nghệ cho các đối tượng có liên quan đến việc xây dựng NTM, đặc biệt là đội ngũ cán bộ chuyển giao công nghệ, nông dân và doanh nghiệp.
Kinh phí thực hiện Chương trình giai đoạn 2016-2020 đến hết năm 2020 dự kiến khoảng 1.500 tỷ đồng, trong đó, ngân sách Trung ương dự kiến khoảng 600 tỷ đồng; đối ứng từ ngân sách của các địa phương, nguồn tài trợ từ các tổ chức hợp tác quốc tế, của doanh nghiệp, các tổ chức hợp tác nông nghiệp và các nguồn hợp pháp khác khoảng 500 tỷ đồng; lồng ghép từ các chương trình phát triển kinh tế - xã hội và chương trình khoa học và công nghệ khác có liên quan khoảng 400 tỷ đồng.